อำเภอทองแสนขัน เดิมเป็นพื้นที่ส่วนหนึ่งในเขตการปกครองของ อำเภอตรอน จังหวัดอุตรดิตถ์ ต่อมาเมื่อชุมชนขยายตัว มีประชากรและกิจกรรมทางเศรษฐกิจเพิ่มขึ้น การเดินทางไปติดต่อราชการที่อำเภอตรอนไม่สะดวก จึงมีการแยกพื้นที่จัดตั้งเป็น กิ่งอำเภอทองแสนขัน เมื่อวันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ. 2526 ต่อมา กิ่งอำเภอทองแสนขันมีความเจริญมากขึ้น มีท้องที่กว้างขวางและมีชุมชนการค้าหนาแน่น กระทรวงมหาดไทยจึงเห็นสมควรยกฐานะขึ้นเป็นอำเภอ โดยมี พระราชกฤษฎีกาตั้งอำเภอ ลงวันที่ 21 พฤษภาคม พ.ศ. 2533 และมีผลเป็น “อำเภอทองแสนขัน” ตั้งแต่วันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2533 พร้อมทั้งเริ่มมีการก่อตั้งหน่วยงานราชการต่างๆ รวมถึงสำนักงานเกษตรอำเภอทองแสนขัน จังหวัดอุตรดิตถ์ ที่ตั้งอยู่ภายในบริเวณศูนย์ราชการอำเภอทองแสนขัน ซึ่งเป็นจุดยุทธศาสตร์ที่เกษตรกรสามารถเดินทางมาติดต่อราชการได้สะดวก โดยมีการปรับปรุงอาคารสถานที่และเพิ่มช่องทางการบริการทางดิจิทัล (E-Service) เพื่อให้ก้าวทันต่อการเปลี่ยนแปลงในยุคเกษตร 4.0
จากอดีตจนถึงปัจจุบัน สำนักงานเกษตรอำเภอทองแสนขันทำหน้าที่เป็นหน่วยงานหลักในการส่งเสริมการเกษตรตามนโยบายของกรมส่งเสริมการเกษตร มุ่งเน้นการใช้เทคโนโลยีและภูมิปัญญาท้องถิ่นมาผสมผสาน เพื่อยกระดับความเป็นอยู่ของเกษตรกรให้ “กินดี อยู่ดี มีสุข” อย่างยั่งยืน